細菌耐藥性的發生是細菌適應環境改變的一種生存方式，雖然抗生素并不引起耐藥性，但是抗生素的不合理使用會加劇這一過程。細菌所處的環境中存在抗生素時，將對細菌產生一種選擇性的壓力，只有那些產生耐藥性基因的細菌能夠生存。抗菌藥物使用得越多，這種壓力也就越大。因此監測了解常見細菌，特別是醫院感染常見細菌的耐藥情況，制定合理使用抗生素的原則，規范臨床抗感染治療，延緩細菌耐藥性的發生以延長抗生素的使用壽命，已成為保護人類健康資源的當務之急。
20世紀40年代中期青霉素的應用，在開創抗感染治療新紀元的同時，也出現了細菌對抗生素的耐藥。其后隨著新型抗菌藥物的不斷問世以及在全球范圍內的大量廣泛應用，細菌對抗生素的耐藥性日益突出，至80年代末已發展為嚴重的公共衛生問題。院外感染中細菌的耐藥突變發生率一直呈上升趨勢，而院內感染幾乎均由耐藥菌導致，且常為多重耐藥株感染。細菌對一種新抗菌藥物產生耐藥性需要的時間越來越短，人類發現和生產一個新抗生素的速度遠遠落后于細菌對其產生耐藥性的速度，目前幾乎用于臨床的所有抗生素都有其相應的耐藥菌譜，尤其是耐甲氧西林金葡菌、耐萬古霉素金葡菌、腸球菌和多重耐藥結核菌的出現，給臨床治療帶來了極大的困難。
一、常見的醫院細菌感染及其病原體
醫院感染的定義：根據2001年1月3日頒布的《醫院感染診斷標準（試行）》，醫院感染是指住院病人在醫院內獲得的感染，包括在住院期間發生的感染和在醫院內獲得出院后發生的感染；但不包括入院前已開始或入院時已存在的感染。醫院工作人員在醫院內獲得的感染也屬醫院感染。醫院感染主要的病原體是細菌，在不同的地區和醫院里，醫院內感染的常見致病菌差異很大。不同的感染部位，常見的致病菌也有差異。1997～1998年歐洲14國家24個教學醫院從血液、院內肺炎、皮膚軟組織和泌尿道感染中共分離得到15,704株細菌，發現超過95%的感染是由15個種屬的細菌導致，其中葡萄球菌和大腸桿菌屬的比例超過50%。院內感染肺炎中，由這兩種菌屬導致的比例超過30%；血液和泌尿道感染中，大腸桿菌所占比例分別達20.8%和49.3%，占第一位；而在院內肺部和皮膚感染中，葡萄球菌屬占第一位，所占比例分別達21.5%和37.4%。
國內1999年北京協和醫院從ICU分離到的細菌中，革蘭氏陰性桿菌占58%，革蘭氏陽性球菌占32%，念珠菌占10%，陰性桿菌中不動桿菌的檢出率增高；革蘭氏陽性球菌中金黃色葡萄球菌占28%，表皮葡萄球菌占34%，糞腸球菌占23%，屎腸球菌6%。因此，引起醫院內感染的致病菌主要是革蘭陰性桿菌，以銅綠假單胞菌、克雷伯菌、腸桿菌、枸櫞酸桿菌、不動桿菌和沙雷氏菌常見，部分感染由金黃色葡萄球菌和腸球菌等某些革蘭陽性球菌導致。近年來嗜麥芽窄食單胞菌、黃桿菌等革蘭陰性細菌和厭氧菌如難辯梭狀芽胞桿菌的分離率顯著增加，這些細菌常常對多種抗生素耐藥，耐藥株的分離率按高低順序依次為ICU→普通臨床科室→門診。
細菌所致的醫院感染中，以肺部感染、尿路感染、術后傷口感染最為常見。其中肺部感染在我國最多見，國外僅次于尿路感染，約占23.3%～42%，50%以上病原菌為革蘭陰性菌，病死率達35%，常見致病菌有克雷伯菌、金葡萄、銅綠假單孢菌和大腸桿菌。尿路感染的發生率僅次于肺部感染，致病菌以大腸桿菌為主，其次為銅綠假單孢菌、克雷伯菌、金葡、變形桿菌，病死率13%～30%。術后傷口感染的主要致病菌是腸球菌、凝固酶陰性葡萄球菌、金黃色葡萄球菌、銅綠假單孢菌和腸桿菌，發生率13%～18%。
二、醫院感染病原體耐藥性與抗生素的應用
無可否認，正是抗生素的使用使許多感染性疾病得到有效的預防、控制和治療，但抗生素的使用也給院內感染帶來突出的問題，即細菌的耐藥性和感染細菌譜的變遷。在美國，醫院獲得性感染的年死亡病例就達40，000，幾乎全部由耐藥細菌所致。研究證明，抗生素在醫院內的大量應用或濫用是導致細菌耐藥株上升的主要誘因，一些重要的院內感染病原體VRE、MRSA和耐藥的肺炎克雷伯菌、嗜麥芽寡養單胞菌和黃桿菌的流行就與頭孢類抗生素的大量使用密切相關，尤其與近年來三代頭孢菌素與萬古霉素的濫用有關；而耐藥綠膿桿菌感染的急劇增多則是亞胺培南大量應用的結果，臨床常用于治療綠膿桿菌感染的幾種抗生素包括亞胺培南、哌拉西林、環丙沙星和頭孢他定，其中亞胺培南是最易引起綠膿桿菌發生耐藥的危險因素。
對目前臨床用量最大的抗菌藥物――β-內酰胺類抗生素而言，革蘭陰性桿菌耐藥性要是其產生βC內酰胺酶的結果。早期單純的β-內酰胺酶僅能水解青霉素類抗生素，但自三代頭孢菌素廣泛應用于臨床以來，細菌產生的β-內酰胺酶已發生了變異。超廣譜β-內酰胺酶（ESBL）既可水解青霉素類藥物，也能破壞頭孢菌素類藥物，特別是三代頭孢菌素，革蘭陰性桿菌中的大腸桿菌和肺炎克雷伯桿菌是主要的產ESBL菌。資料顯示大腸桿菌中產ESBL菌株約占25%，肺炎克雷伯菌中約為57%，對三代頭孢菌素和氨曲南大多耐藥。產生AmpC酶的革蘭陰性菌主要是腸桿菌科細菌，特別是陰溝腸桿菌，一旦產生AmpC酶，對幾乎所有三代頭孢菌素均耐藥。而產金屬β-內酰胺酶的細菌，如嗜麥芽寡養單胞菌對碳青霉烯類抗生素和β-內酰胺酶抑制劑克拉維酸、舒巴坦、他唑巴坦均不敏感。
臨床實踐顯示，限制抗生素的應用可以恢復細菌的敏感性。Louis等報道在美國克里夫蘭退伍軍人醫院，耐頭孢他啶的肺炎克雷伯桿菌的比率在最常使用頭孢他啶的病房最高，從1993年第一季度的8%上升到1994年第一季度的28%，在改用哌拉西林、他唑巴坦后，耐頭孢他啶的肺炎克雷伯桿菌于1994年第四季度降至10.2%；SeppalaH等報道，1988-1993年間在芬蘭當大環內酯類抗生素的用量增加3倍以上時，A族鏈球菌對紅霉素的耐藥率從5%升至19%，而在接下來的幾年中用量減少50%時，GAS耐藥發生率也降至8.6%。
在美國的一家教學醫院中，當嚴格控制頭孢類抗生素尤其是哌拉西林、他唑巴坦的使用三年后，VRE的感染從16%降至5%，MRSA也從35%降至23%；產超廣譜β-內酰胺酶克雷伯菌在嚴格控制頭孢類抗生素使用后，耐藥菌株分離率和尤其導致的院內感染均顯著降低。因此加強對抗生素使用與細菌耐藥性關系的認識，避免不必要的抗生素應用，尤其是避免針對呼吸道病毒性感染的抗生素使用，合理地選擇所使用的抗生素種類對于控制細菌發生抗生素耐藥性具有極其重要的意義，是值得每一個臨床醫生在醫療實踐中重視并加以解決的問題。
三、合理應用抗生素治療醫院細菌感染
抗菌藥物的選擇及其合理使用是控制和治療院內感染的關鍵和重要措施。在使用抗生素時，要考慮到患者的全身情況、疾病的程度、住院時間的長短、已用過的抗生素、細菌培養和藥物敏感結果、目前本地區和本醫院內細菌的耐藥性和流行趨勢。嚴格遵守合理使用抗生素的原則：即病毒性感染者不用，發熱原因不明者若無明顯感染的征象不用，盡量避免皮膚粘膜局部使用抗生素，聯合使用必須有嚴格指征、細菌室定期通報細菌的耐藥及流行情況、嚴格控制抗生素的預防使用。由于不同的地區和醫院里，醫院內感染的常見致病菌差異很大，只有定期監測本醫院內感染細菌譜的情況，才能指導臨床經驗性選擇抗生素。對任何一種感染要盡量找到病原菌，開始經驗治療前必須留取標本進行病原學檢查或培養。根據不同的感染部位推測可能的致病菌，結合病情嚴重程度，選擇不同的抗菌藥物和給藥途徑進行初始治療，待病原結果回報后再根據藥敏結果來調整治療方案。如對敗血癥，可采用β-內酰胺類抗生素和氨基糖苷類抗生素聯合并經靜脈給藥。而中性粒細胞缺乏、免疫功能低下伴感染者要使用廣譜、強效的抗菌藥物，同時要給予支持治療。
產生ESBL的細菌感染宜首選碳青霉烯類抗生素，也可選用頭霉素（如頭孢美唑，頭孢西丁）治療。值得注意的是，NCCLS制定了僅限于肺炎克雷伯菌、產酸克雷伯菌和大腸桿菌產ESBL株的判斷標準，用此標準判定為產ESBL菌時，即便藥敏試驗顯示敏感，也應認為這些細菌對廣譜頭孢菌素和單環類抗生素耐藥。產生AmpC酶的革蘭陰性菌感染可以選擇第四代頭孢菌素或碳青霉烯類抗生素。院內獲得性肺炎常用的經驗性治療方案有：
①半合成青霉素+氨基糖苷類；
②克林霉素+氨基糖苷類；
③頭孢菌素+氨基糖苷類。
醫院內泌尿道感染的經驗治療可選擇較新的氟喹諾酮類藥物，或根據常見的病原菌和尿沉渣革蘭染色結果選用抗菌藥物，劑量宜大并注射用藥。銅綠假單孢菌的醫院內感染常對現用于臨床的多種抗生素耐藥，快速、準確的藥敏試驗對治療具有明顯的意義，但要注意其粘液樣菌落的體外結果不能反應臨床治療結果，如為呼吸道感染尚需首先確定是否為感染真正的病原體，經驗治療可選擇碳青霉烯類抗生素或馬斯平。
對葡萄球菌導致的感染，可選擇較新的氟喹諾酮類如左氧氟沙星等藥物，但如為耐藥株仍應首選萬古霉素。美國疾病控制中心發布的萬古代霉素應用指南推薦在下列情況使用萬古霉素：
①治療耐β-內酰胺類抗生素耐藥的革蘭陽性菌的嚴重感染；
②治療對β-內酰胺類抗生素過敏患者的革蘭陽性菌感染；
③當發生抗生素相關性腹瀉，滅滴靈治療無效，或者病情危重，可能危及生命時；
④心內膜炎高危患者進行某些操作后預防應用；
⑤在MRSA和MRSE感染高發醫院進行假體或裝置植入手術時，萬古霉素應在手術前即刻給予，如果手術超過6小時重復給藥一次。
對院內VRE感染的治療，由于目前尚無理想的治療藥物，普遍采用聯合用藥，如半合成青霉素、氟喹諾酮類或喹奴普丁與大劑量的氨基糖苷類抗生素合用。
總之，應充分認識到抗菌藥物治療的兩面性，在抗生素使用時必須把細菌耐藥性產生的機會減至最小。廣泛和合理地使用抗菌藥物意味著對其使用既不能太少也不能太多，更不能不恰當地使用，包括藥品的錯誤選擇、不正確的劑量或治療期限、不良的治療順應性以及使用劣質藥（有時是假冒藥）等，這些因素都能助長耐藥微生物的產生，使將來的治療變得更加困難。