生化分析儀有多種分類方法，最常用的是按其反應裝置的結構進行分類。按此法可將自動生化分析儀分為流動式和分立式兩大類。
所謂流動式自動生化分析儀是指測定項目相同的各待測樣品與試劑混合后的化學反應在同一管道流動的過程中完成。這是第一代自動生化分析儀。過去說得多少通道的生化分析儀指的就是這一類。存在較嚴重的交叉污染，結果不太準確，現已淘汰。
分立式自動生化分析儀與流動式的主要差別是每個待測樣品與試劑混合間的化學反應都是分別在各自的反應皿中完成的，不易出現較差污染，結果可靠。
