一、須考慮的樣本含量0.5 cM 的遺傳學距離轉變為 0.005 的重組率，表明要發生 5 起重組事件，平均需要觀察 1000 例 scoreable 減數分裂。根據泊松分布（假定重組事件間相互獨立、互不干擾），那么在上述事例中，有約 56% 的可能性觀察到至少 5 起重組事件，有約 88% 的可能性觀察到至少 3 起重組事件。 二、重組頻率的最大可能估計值和基因座順序1.兩點和三點基因定位采用可對精子分型數據進行完整統計學分析的計算機軟件（TWOLOC 和 THREELOQ，對原始的兩點和三點雜交的精子分型數據進行數學分析。 如果 PCR 擴增是完有效的（即樣本中存在的每一個等位基因都可被檢測到），在沒有外源 DNA 污染和微量滴定板的每個孔中嚴格地只有一個單倍體精子的情況下，那么只有預期產生的親本型和重組型精子類型可被觀察到；然而，如同所有的實驗數據，由精子分型產生的數據都存在誤差。對于任一基因座，均可觀察到一小部分同時沒有或同時都有兩個等位基因的精細胞。這可能是由于：單個精子中存在的單個等位基因的檢出效率<100%、污染事件、樣本中含有多個或不含精子，以及這些誤差的不同組合。 TWOLOC 和 THREELOC 軟件采用的計算機模型考慮到了這些誤差。該軟件可對以下四種參數進行估計并提供了它們的標準誤差：效率；污染；重組率；包含0、1 或 2 種精子的樣本率。此外，符合系數可詳細說明鄰近區間重組事件間的獨立程度，THREELOC 可對符合系數做出估計從而分析干擾因素。兩種程序均以表格的形式輸入數據，內容包括所有觀察到的精子單體型以及每種單體型被觀察到的次數。除了一般模型外，還有一些對效率和污染參數存在不同假設的輔助模型，程序可在這些模型下進行分析。 TWOLOC 和 THREELOC 軟件都可計算相位/順序不同組合的最大似然。TWOLOC 和 THREELOC 軟件被限制，不可以同時考慮超過三個位點。并且，來自每個精子供者個體的數據必須分開分析。 這里提及的計算機軟件和文件都可從 Dr.KenLange 獲得，生物統計學系，洛杉肌加州大學。 2.多點基因定位對于精子分型數據進行多點基因定位的策略是由本來用于人類系譜數據遺傳連鎖分析的 MENDEL 程序發展而來的。如同 TWOLOC 和 THREELOC, 這一新版本考慮了實驗誤差，也對同樣的四種參數（包括它們的標準誤差）進行估計。此外，它還估計標記順序和男性重組頻率。父親的基因型被當作捐贈者的實際基因型，并攜帶有指定的相位和順序。假定其母親在所有分析位點都是雜合的，并與程序的預期一致，而且每一個被分析精子都作為一個孩子來處理。精子（或孩子）的基因型包括了來自于精子捐贈者的等位基因組合。母親的基因型和雙親的表型被當作無關。對 MENDEL 的改編使得通過分析聯合若干不同個體的多個位點來構建一張多點連鎖圖譜成為可能，即使對任一精子捐贈者只有部分位點被成功分型。當對多個位點進行分型時須給定數據計算的復雜性，這一程序根據特定的相位/順序組合，總是有條件地計算似然，并且不考慮干擾因素。它可結合來自捐贈者不同位點組合的分型數據進行分析。更為復雜的實驗設計被運用到了該模型中，包括再次檢驗通過 PEP 獲得的確定位點。這些方面在 MENDEL 文件中有更為全面的詳述。該程序以表格的形式輸人數據，內容包括每套微量滴定孔（或管）的結果，捐贈者單體型與假定母親適合的單體型。 3.精子分型數據分析的策略方法（1）小心注意單體型評分、數據輸入及數據核對。由于單體型評分這項工作很冗長，因此推薦數據獨立評分；并且任何偏差都應仔細研究。當出現不確定的案例時，須考慮采用 PEP 對精子重新分型（支持方案 4)。 （2）針對數據集，主要依據已分型位點數目和實驗設計來選擇適當的軟件。 （3）采用 TWOLOC、THREELOC 或 MENDEL，通過對系統參數污染和效率的不同設定，測試由一般模型得來的若干不同輔助模型。最準確的模型（也就是一般模型）解釋了每個基因座上的每個等位基因可變的污染程度和可變的擴增效率；然而，依照統計模型的一般性原則，對特定的模型最好不要過度參數化，因為這可能人為地導致數據與模型吻合良好。因此，最好是有可能存在的最簡單的模型，它幾乎能完整地說明數據。 從作者的實驗和數瑪分析可以清楚地看到，針對重組頻率的高分辨率的測量方法有賴于三個因素：提高微量滴定孔或管中等位基因的擴增效率和檢出率；降低污染頻率; 降低微量滴定孔或管中出現〇或多于 1 個精子的頻率。不可避免的實驗誤差造成的信息丟失可以通過加大研究樣本數來彌補。 三、連鎖數據的直接分析在一組緊密連鎖的遺傳標記序已知的情況下，通過比較不同區間內重組頻率，采用 TWOLOC、THREELOC 或 MENDEL，那么就無需估計重組頻率和關聯的精子分型誤差。反之，不同區間內的重組類型數目則能被直接計算和比較。考慮一個雜合子個體有四個緊密連鎖的遺傳標記 A、B、C 和 D, 并且已知順序和相位 ABCD/abcd，BC 區間內的重組有待探討。假定采用 PEP 對遺傳標記 B 和 C 進行分型并且觀察到了 Be 這一重組類型的精子。這可能是真實的重組事件也可能是分型出現的誤差。如果采用 PEP 再對同一精子內的遺傳標記 A 和 D 進行分型，那么就可以區分這些可能性了。如果發現精子有 ABcd 基因型，那么 BC 區間內被認為肯定發生了重組事件，但是 ABcD 基因型則不能起確認作用。可以計算任一區間內確認的重組類型的數目，并同其他區間內確認的重組類型的數目做比較。以這種方式，如攜帶有一重組熱點的染色體片段可以被連續地分成越來越小的區間直到確定有熱點活性的最小區間。 展 | 