HSV-1是被膜、衣殼、核心、囊膜合成的圓形病毒，雙鏈線性的DNA合成是病毒的重點，纖絲成卷纏繞，在125～240kb。HSV-2的基因組在154kb左右。HSV-2HG52株基因組中G+C成分在70%左右，中部由L-S交壤處共價連接的短片段18%與長片段82%而合成，各個片段包含兩端的反向重復序列與中部的特殊序列，因其連接形式不同，HSV-2基因組產生4種同分異構體分子。HSV轉錄調節方式多種，基因組構造復雜，基因數量很多且彼此重疊。HSV-2基因經由嚴格的級聯調節被轉錄及表達，按照時間前后依次分成三類：立即早期基因、早期基因以及晚期基因。