單細胞生物主要分有核和無核的單細胞。
有核的如草履蟲就是典型的有核單細胞生物。有核單細胞生物主要由細胞核、細胞質、還有細胞器。
它包括：線粒體、高爾基體、核糖體、細胞膜、這是動物型單細胞。如果是植物型單細胞比如 紅藻，就是細胞壁、細胞核、細胞質，它的細胞器就包括線粒體、高爾基體、核糖體、葉綠體、細胞膜。
無核的單細胞生物，雖稱無核細胞，但并不是把核除掉了的細胞，而是E．H．Haeckel（1866）假定的在進化道路發展過程中存在的一種無核細胞質團，稱為無核原生質團（monera）。以后P．J．vanBeneden（1875）把極體出現前一如在胚胞消失的（卵母）細胞，以及L．Auerbach（1876）對一般細胞分裂對細胞核消失的細胞團，也都應用了這一名稱。