衛星DNA具有很多優點，然而如何獲得所需要的衛星位點，一般有以下兩種方法：
一種是利用衛星位點的保守性，從衛星數據庫中搜索出某物種已知衛星引物，然后以相近物種的基因組總DNA為模板，用已知引物進行擴增并進行多態性分析，再對特異擴增產物進行測序，從而獲得適合另一物種的高度多態的微衛星位點。
另一種方法則是直接從基因組文庫中篩選衛星位點。
隨著科技的發展，“隨機擴增衛星DNA多態性”法和借助染色體顯微切割等手段使得新衛星位點的發現效率更高，更為簡單。
