衛星標記應用遺傳多樣性的分析與評估，生物個體表現出的各種遺傳變異，在本質上就是DNA的差異，因此通過研究DNA的變異來分析群體的遺傳結構及遺傳多樣性則更為直接，Arranz等（1996）對牛的衛星DNA和蛋白質標記的比較研究發現衛星標記比蛋白質標記具有更加豐富的多態性，且其兩者所得到的系統發生樹基本上是一致的。這些都說明，衛星在研究親緣關系較近的群體遺傳關系時是較優越的標記之一。
van-zeveren等（1995）利用7個衛星標記對4個比利時豬種進行了研究，通過等位基因頻率、多態信息含量（PIC）、遺傳雜合度、有效等位基因數及品種內個體相似概率等5個指標的比較，得出了品種內的遺傳差異和遺傳關系。
Li等（2000）用衛星方法對中國七個地方豬種遺傳多樣性的研究表明，中國地方豬種的遺傳多樣性高于外來品種，七個品種的聚類與它們的地理分化時間大致吻合。MacHugh等（1996，1997，1998）借助20個衛星標記對7個歐洲牛品種，6個非洲牛品種和4個亞洲牛品種的遺傳結構進行檢測，分析了各個牛品種內的遺傳變異及品種間的遺傳關系，并對來自三大洲的普通牛和瘤牛起源，馴化和系統發生關系做好了深入探討。
Zhou等（1999）對23個高度近交系雞的42個衛星位點進行了分析，繪制了系統發生樹，結果表明衛星在遺傳多樣性的研究上是準確可靠的。Morin等（1994）用人源衛星位點來檢查自由生活狀態下的黑猩猩種群的親緣關系、社會結構和子關系，使其得以驗證種群內關于親緣關系的假說。
