初次培養一般都使用選擇培養基和非選擇培養基。
1）非選擇培養基：本培養基使分離的厭氧菌不被抑制，幾乎能培養出所有的厭氧菌。常使用心腦浸液瓊脂（BHI）、布氏瓊脂（BR）、胰豆胨肝粉瓊脂（GAM）、胰胨酵母瓊脂（EG）、CDC厭氧血瓊脂等。
2）選擇培養基：為有目的選擇常見厭氧菌株，以便盡快確定厭氧的種類。
