在生物基因工程領域，生物芯片制備中材料的固定方式主要包括原位合成法和點樣法兩種，點樣法又分為接觸式點樣法和非接觸式點樣法。原位合成法主要用于基因芯片的制備，點樣法可用于基因芯片和蛋白質芯片的制備。細胞芯片主要是通過細胞本身的貼壁生長來完成固定。組織芯片通過一些黏性溶劑(如石蠟)使組織切片固定在載體上。某些微流體芯片不需要材料的固定，只是通過硅材料上大量的微通道來完成檢測，另外一些微流體芯片通過特殊的作用(如蛋白質的特異性結合、序列互補DNA片斷等)把材料固定在微粒上來完成檢測。在此我們主要介紹原位合成技術和直接點樣技術。
原位合成是直接在固體基質上用4種單核苷酸合成所需的DNA片段。Affymetrix公司的GeneChipTM是高密度寡核苷酸微陣列原位合成的代表，制造工藝采用原位光刻合成。其他原位合成制造工藝還有光敏抗蝕層并行合成法、微流體通道在片合成法、噴印合成法及分子印章在片合成法。