大致過程
實驗用的標本是新鮮組織、石蠟包埋組織、脫落細胞、血細胞等。其基本方法為多聚甲醛固定組織或細胞，蛋白酶消化處理組織；在組織細胞片上滴加PCR反應液進行擴增，覆蓋并加液體石蠟后，在原位PCR儀上進行PCR循環擴增，PCR擴增結束后用標記的探針進行原位雜交，最后顯微鏡觀察結果。
實驗玻片的處理
清潔液清洗→自來水沖，烘干→強酸24h→自來水，蒸餾水洗，烘干95%乙醇數小時→烘干，高壓消毒。再用多聚賴氨酸APES(3-氨丙基三乙氧硅烷)包被。
固定液的選擇標準：保持組織結構，最大限度地保持細胞內DNA或RNA水平，使引物和探針更易于進入細胞內，在規定的時間內進行反應。