原發性縱隔腫瘤和囊腫的病因不明。目前認為原發性縱隔腫瘤和囊腫的病因主要有以下學說：
1.胚胎學說
縱隔內含有多種組織，這些組織在胚胎發育早期為組織胚芽。隨著胚胎的成長，胚芽趨于成熟，成為胚葉，并互相分離，遺留于縱隔內的殘存胚芽是形成縱隔腫瘤的重要原因。如畸胎類腫瘤就是典型胚胎性腫瘤。
2.組織迷走學說
縱隔外的組織異位種植于縱隔內，異常生長而發生為腫瘤。如縱隔內甲狀腺腫瘤。
3.組織突變學說
縱隔內的組織在一定原因作用下，組織細胞發生突變形成腫瘤。如惡性淋巴瘤。
