原發性血小板增多癥好發于50~70歲患者，平均發病年齡約為60歲，亦可發生于青少年和嬰幼兒。病程一般較緩慢，發病時往往無癥狀，其主要臨床表現為出血和血栓形成。不少患者偶爾因發現血小板增多或脾臟腫大而被確診。大約80%的患者可有原因不明的出血或血栓形成，其中以出血較為常見，出血可為自發性或外傷、手術引起的異常出血。自發性出血以鼻、牙齦和消化道黏膜最為常見。皮膚出血多表現為瘀斑。泌尿道、呼吸道以及其他部位也可以發生出血，偶爾也可發生腦出血而引起死亡。血栓的發生率國外報告較常見，國內報告較少。國內統計約30%的患者可有靜脈或動脈血栓形成，脾靜脈、腸系膜靜脈以及下肢深淺靜脈為血栓好發部位，可引起相應的臨床癥狀和體征。下肢血管栓塞后，可引起肢體麻木、疼痛、甚至壞疽，也可表現為間隙性跛行、紅斑性肢痛癥（Erythromelalgia）等。腸系膜血栓可引起急腹癥等。肺、腎、腎上腺及腦發生血栓，可為致死原因。
大約30%的病人在就診時表現為功能性或血管舒縮性癥狀，如血管性頭痛、頭昏、視力模糊、手掌及足底灼痛感、末梢麻木及紫紺等。也可表現為疲勞、乏力、失眠等非特異性癥狀。約40%的患者可有肝大，80%的患者可有脾臟輕度或中度腫大。也有約 20%的本病患者可出現無癥狀的脾梗塞，由此而導致脾萎縮。