1、光路不同：原子吸收光源、原子化器和檢測器在一條光路上；原子熒光為垂直光路。
2、原理不同：原子吸收利用原子的特征吸收光譜；原子熒光則利用原子的激發-躍遷光譜
（熒光）。
3、靈敏度不同：對于原子吸收，增加光源強度同時會增加背景吸收，而原子熒光信號強度
與激發光源強度成正比，故靈敏度可以極大提高。
4、使用范圍不同：因為原理的局限性，氫化法原子熒光光譜儀只能檢測被測元素發生可以和還原劑發生氫化反應的11種元素，即使是金索坤采用火焰法-氫化法聯用原子熒光光譜儀也只可以檢測20種元素，而相對來說，原子吸收光譜可檢測元素的范圍就要大很多。