原核生物mRNA的降解是不同核糖核酸酶包括核酸內切酶,3'核酸外切酶和5'核酸外切酶的共同作用的結果。在一些情況下,長度為數十至數百個核苷酸的小RNA分子(sRNA)可通過與互補序列堿基配對來促進RNase III對特定mRNA的降解。