蛋白磷酸酶的作用和蛋白激酶相反。根據脫磷酸化的氨基酸殘基的不同，蛋白磷酸酶也分成蛋白酪氨酸磷酸酶(PTP，PTPase)和絲氨酸/蘇氨酸磷酸酶。
參與淋巴細胞激活的蛋白磷酸酶主要有：
①CD45：該分子胞內段的兩個結構域發揮PTP的作用，因而CD45屬于受體型蛋白酪氨酸磷酸酶，在對抗瓢kPTK的作用和啟動淋巴細胞信號轉導中發揮關鍵作用；
②鈣調磷酸酶(calcineurin)屬絲/蘇氨酸磷酸酶，其底物是轉錄因子NF-AT分子已發生磷酸化的絲氨酸和蘇氨酸殘基。在鈣調磷酸酶的作用下，NF-ATp因脫去磷酸根(p)而激活，成為活化的轉錄因子NF-AT。