雙向啟動子的雙向轉錄機制可能是兩個RNA聚合酶同時聚集在無核小體區的邊界,然后在兩個方向上起始轉錄.雙向啟動子在真核生物基因組中廣泛分布 ,大多數的雙向啟動子缺少TATA盒,而具有較高的GC含量和豐富的CpG島。