雙鏈構象多態分析（double -strand conformation analysis,DSCA) 是利用熒光標記引物，通過PCR 擴增出相關的研究片段作為熒光標記參照（fluorescence labeled reference,FLR)DNA分子。然后，用標記參照物FLR 分子與待測PCR擴增片段進行雜交。因為FLR 和樣本核苷酸序列相似，雜交反應液中所有DNA的正鏈和反義鏈之間將形成雙鏈結構。只有與帶熒光標記的FLR 分子正鏈匹配的DNA雙鏈，經過電泳后方可被DNA測序儀的激光檢測系統所檢測。所以，可檢雙鏈均有一樣的FLR 正鏈，雜交雙鏈的電泳遷移率可能相同，但是由于反義單鏈的差異雙鏈變性程度的差異而最終造成電泳遷移率的不同。不像SSCP 技術，DSCA能夠任意操縱變性雙鏈的形成，選用不同的FLR可以達到難分樣本的最佳分離效果。另外，通過調整FLR 和樣本待測DNA分子的比例，可專一性增強雜交異質雙鏈信號并減弱純合雙鏈信號。DSCA技術的優點還在于它依據樣品經過固定檢測儀的時間差，而非相同電泳時間遷移的距離差來判斷突變的有無，這樣就避免了諸如SSCP 等技術分析中因遷移速率差異而降低的泳動速度慢的條帶檢測率。另一方面，DSCA的有效檢測片段長度可達1 kb。由于激光系統的介入，DSCA的靈敏度和上樣量分別得以提高和降低，不到1 秒的泳動差異也足以檢測。該技術已被成功地用于囊性纖維化基因（cystic fibrosis gene) 的4 種突變，以及HLA Ñ；型基因中131 種等應基因的檢測。
