在原核生物中反義RNA具有多種功能，例如調控質粒的復制及其接合轉移，抑制某些轉位因子的轉位，對某些噬菌體溶菌-溶源狀態的控制等。下文僅舉數例。
調控細菌基因的表達
反義RNA對編碼CAP的基因的調控作用已如前述。這里再介紹一下micF RNA對ompF基因的表達的調控。ompF蛋白質是大腸桿菌的外膜蛋白的主要成分這一。micF RNA是從另一基因(ompC基因)附近的DNA序列轉錄而來，和o-mpFn RNA的5'端有70%的序列互補，因此在體外micF RNA可以抑制ompF mRNA的翻譯。但是這種抑制作用在體內是否重要尚有疑問，因為缺失micF基因的菌株其ompF蛋白的表達只受到輕微的影響。
噬菌體溶菌/溶源狀態的控制
反義RNA也參與了λ和P22噬菌體的溶菌/溶源狀態的控制。P22噬菌體編碼一種抗阻遏蛋白Ant，它可以抑制許多λ樣噬菌體的阻遏蛋白與DNA的結合。這對于剛剛感染細胞的P22建立λ樣原噬菌體(prophage)是有益的。但是Ant必須在嚴格的控制下，否則Ant的過分表達必將阻止溶源狀態的建立，而成為溶菌性的噬菌體。Ant蛋白質表達的控制是利用反義RNA(sarRNA)能與ant mRNA的翻譯起源區互補結合，從而抑制ant mRNA翻譯成Ant蛋白。
在λ噬菌體中cⅡ蛋白控制著溶菌或溶源狀態的選擇。cⅡ蛋白可以激活λPre啟動子，該啟動子控制的基因是λ噬菌體整合作用所必須的，且同時能抑制λ噬菌體的復制。cⅡ蛋白的另一功能是延緩λ晚期基因的表達，其作用機制是cⅡ蛋白激活PaQ的啟動子，轉錄出PaQRNA。PaQRA是編碼Q蛋白的mRNA的反義RNA。因此，PaQRNA能與QmRNA配對雜交而抑制其翻譯，而Q蛋白早已知道是晚期基因表達的激活蛋白。
cⅡ基因本身的表達還受到稱為oopRNA的反義RNA的調控。oopRNA與cⅡ基因的3'端互補，但其具體作用機制尚不清楚。
IS10轉位作用的抑制
outRNA是一種反義RNA，可以和IS10編碼的轉位酶mRNA(INRNA)5'端結合而抑制其翻譯，當細胞內只有一個考貝IS10時，只能生成很少量的outRNA，故轉位酶仍可生成。但當IS10的考貝數增多時，outRNA愈來愈多，其控制作用亦明顯增強，所以稱為多考貝抑制現象。這種現象可以防止IS10的過量堆積引起的細胞損害。