細胞中反義RNA的來源有兩種途徑:第一是反向轉錄的產物,在多數情況下, 反義RNA是特定靶基因互補鏈反向轉錄產物, 即產生mRNA和反義RNA的DNA是同一區段的互補鏈。第二種來源是不同基因產物,如OMPF基因是大腸桿菌的膜蛋白基因,與透性有關,其反義基因MICFZE則為另一基因。