化學發光免疫分析儀自動化程度較高，都具備自我診斷功能。一旦有故障發生時，儀器一般能自動檢測到，顯示錯誤信息并伴有報警聲。
常見故障主要有以下幾個方面。
1.壓力表指示為零：進行真空壓力測試，能聽到泵的工作聲音，但壓力表指示為零。首先檢查廢液瓶所接的真空管，測試真空壓力，判斷該故障是否因漏氣或壓力表損壞引起。檢查各管道的接口有無漏氣，檢查相關的四只電磁閥(在真空壓力測試時，這四只電磁閥不工作，為關閉狀態)，對有問題的管道或電磁閥及時修復或者更換。
2.真空壓力不足：進行真空壓力測試，若測試結果正常，可知是因真空傳感器檢測不到真空壓力引起。該機的壓力測試由兩個傳感器分別檢測高、低壓力，對有問題的傳感器進行調整或清洗后，再次測試真空壓力，壓力正常后調節傳感器螺絲使高、低壓力指示在規定范圍內。
3.發光體錯誤：檢查發光體表面發現有液體滲出，該故障分三步檢查：檢查廢液探針、相關管路及清洗池是否有堵塞、漏液；檢查加樣電磁閥、排液電磁閥，電磁閥，有污物會引起進水或排水不暢；檢查與廢液探針管路相連接的堿泵清洗管路是否有漏氣以及堿泵是否有裂縫。
4.軌道錯誤：該故障因標本架在軌道中錯位而使軌道無法運行引起，因軌道很長，而且密閉不易拆，一般先檢查與軌道相接的水平升降機，如果正常，再檢查軌道，只要取出錯位的標本架，故障即可排除