抗菌藥物的使用可致菌群改變，使耐該種抗菌藥物的微生物引發新的感染。引起新感染的細菌可以是在正常情況下對身體無害的寄生菌，由于菌群改變，其他能抑制該菌生長的無害菌為藥物所抑殺后轉變為致病性菌，或者也可以是原發感染菌的耐藥菌株。
但是，當長期、大量使用廣譜抗菌藥物時，情況就發生了根本的改變：使原本并不致病的微生物增殖機會大增，也可以導致人體發生感染，尤其對抵抗力低下的病人，如癌癥患者、肺心病患者，以及老、幼、病、殘者更是如此；這種情況在醫學上也稱為條件致病菌引起的感染；當然，二重感染也可以由原發感染菌的耐藥菌株引起。臨床上發生的二重感染常見的有霉菌性肺炎、梭狀芽胞桿菌腸炎、霉菌性腸炎、口腔霉菌感染、白色念珠菌陰道炎，以及尿路感染等。
