雙鏈DNA 分子在一般的聚丙烯酰胺凝膠電泳時，其遷移行為決定于其分子大小和電荷。不同長度的DNA 片段能夠被區分開，但同樣長度的DNA 片段在膠中的遷移行為一樣，因此不能被區分。
DGGE/TGGE 技術在一般的聚丙烯酰胺凝膠基礎上，加入了變性劑（尿素和甲酰胺）梯度，從而能夠把同樣長度但序列不同的DNA 片段區分開來。一個特定的DNA 片段有其特有的序列組成，其序列組成決定了其解鏈區域(meltingdomain, MD)和解鏈行為(melting behavior) 。一個幾百個堿基對的DNA 片段一般有幾個解鏈區域，每個解鏈區域有一段連續的堿基對組成。當變性劑濃度逐漸增加達到其最低的解鏈區域濃度時，該區域這一段連續的堿基對發生解鏈。當濃度度再升高依次達到各其他解鏈區域濃度時，這些區域也依次發生解鏈。直到變性劑濃度達到最高的解鏈區域濃度后，最高的解鏈區域也發生解鏈，從而雙鏈DNA 完全解鏈。