變性梯度凝膠電泳（denatured gradient gel electrophoresis，DGGE）最初是Lerman 等人于20 世紀80 年代初期發明的，起初主要用來檢測DNA 片段中的點突變。
Muyzer 等人在1993 年首次將其應用于微生物群落結構研究 。后來又發展出其衍生技術，溫度梯度凝膠電泳（temperature gradient gel electrophoresis，TGGE）。
此后十年間，該技術被廣泛用于微生物分子生態學研究的各個領域，已經發展成為研究微生物群落結構的主要分子生物學方法之一。