主要應與口底舌下囊腫、甲狀舌管囊腫、口底蜂窩織炎相鑒別。
口底舌下囊腫位于口底的一側，局部呈藍色病變，質軟，穿刺為黏稠的蛋清樣液體。
口底蜂窩織炎在成人后多由牙源性感染所致，在兒童多由涎腺源性感染所致，局部存在紅腫熱痛等炎癥表現。發病一周后，穿刺可見膿液。
甲狀舌底囊腫多見于1～10歲的兒童，囊腫多位于舌骨上下部的中線位置。舌骨體與囊腫之間可捫及堅韌的條索并與舌骨體粘連，可隨吞咽及伸舌等動作而移動，穿刺檢查可見透明、微混濁的黃色稀薄或黏稠性液體。
