1、流式: 優點是速度快，非常適合做大數量統計，且樣品只被檢測一次，完全不用擔心熒光淬滅的問題。 缺點是只能檢測熒光的有無、強度大小，無法提供空間定位信息，無法做熒光定位變化的實驗；由于樣品只被檢測一次，因此無法對同一個樣品進行連續觀察。例如，做膜蛋白定位時會得到這么一個結果——用流式可以檢測出信號，但是用顯微鏡卻看不到東西，排除儀器和濾光片選擇問題，很可能是核的自發熒光或非特異標記造成流式的假陽性結果。
2、熒光顯微鏡: 剛好與流式互補，可很好地進行空間觀察，判斷目標蛋白的定位，但是不適合做大流量檢測，估計沒人能經得起時間的考驗。有不同倍率的物鏡選擇，可以使用高倍物鏡看精細結構，或用小倍率物鏡做少量統計。與之搭配的CCD和軟件，是系統能否發揮性能的關鍵。尤其是CCD，從那么多商品里選一款合適的不容易，需要了解很多知識否則只能聽別人忽悠。
3、共聚焦，熒光顯微鏡的升級產品: 具有很好的光學層切效果，能得到很好三維定位信息。但是，如果使用共聚焦的目的僅僅是為你的樣品拍一張靚照，取得一張好看的圖片，就讓人覺得可惜了。共聚焦基本都是全自動系統，可隨意定義照明區域、選擇多個熒光通路和設定定時取圖，所以，做Time-laps、FRAP和FRET有其獨到的優勢。另外，4Pi和STED又是其中的極品，具有超高的空間分辨率，只是使用不方便，未必適合做生物實驗。
4、全內反射: 熒光顯微鏡的另一種升級產品，屬于近場光學范疇，只適合且最適合做膜研究，無法看到胞內信息。也是用CCD成像，但是對CCD的要求更高——個人甚至覺得對CCD的要求是沒有上限的。
5、雙光子: 另一種共聚焦，因使用長波激發熒光，故能做深層檢測（突破共聚焦的100微米極限），最典型的應用是觀察活體腦組織。巨貴無比，國內沒有幾臺，能用上的人不多。
6、新推出的高內涵藥篩系統，流式和顯微鏡的雜合體: 使用電動載物臺，可以自動地按預定程序完成實驗，可做大流量檢測（雖然速度慢點），而且有成像能力，可以判斷定位。