吞噬細胞吞噬后，有完全和不完全吞噬兩種結局。
1.完全吞噬：指病菌完全被吞噬細胞清理，或殺死；不完全吞噬，指病原菌未被吞噬細胞殺死，并被吞噬細胞攜帶轉移至他處，引起擴散。
2.不完全吞噬：某些胞內寄生菌或病毒等病原體在免疫力低下的機體中，只被吞噬卻不被殺死，稱為不完全吞噬。此種吞噬對機體不利，因病原體在吞噬細胞內得到保護；有的病原體甚至能在吞噬細胞內生長繁殖醫學教育|網搜集整理，或隨吞噬細胞經淋巴液或血液擴散。
被特異性免疫活化后的巨噬細胞殺傷能力增強，可轉變為完全吞噬，如巨噬細胞功能顯著增強，可促進結核菌隱性感染的康復。