商品型外肽酶絕大多數是氨肽酶，主要用于食品蛋白質水解產物的生產過程中，目的在于提高適口性、功能性和營養特性。奶酪生產中通常使用外肽酶降解酪蛋白，并減弱苦味。一般的商業酶最適pH值都在中性范圍。在說明書上酶活都是依據亮氨酸氨肽酶標示，因此，很難比較商用外肽酶的活性。有些酶制劑是外肽酶型，如Protease R、Protease M、Flavourzyme和CorolaseLAP等。如帝國生物技術公司(Imperial Biotechnology)提供2 種用于脫苦的外肽酶混合制劑，Accelase和Debirase。Accelase是Lactococcus lactis的氨肽酶，后者是Lactococcus lactis和A. oryzae的氨肽酶提取物。有些是內肽酶和外肽酶的混合制劑 。