親和純化的成功取決于是否選擇了合適的固相載體和配基。理想的親和介質 (如吸附配基的固相載體)應該具備孔隙大、理化性質高度穩定的特征。親和介質可以選擇性的捕獲相應耙標，既保證較弱的非特異性吸附，又可以在整個過程中維持良好的流動特征。
優選介質應具備便宜、易獲取和使用簡便的特點。親和介質可以是商品化的, 或通過適當的化學作用將配基吸附在固相載體上(詳見本章第4節)。下文將詳細討論如何選擇合適的親和介質（GEHealthcare,2007;GustavssonandLarsson，2006;Zachariou，2007), 并對一些需要重點考慮的因素進行總結。
介質顆粒及孔隙應大小一致，且具有良好的流動性能。介質的表面積與孔隙呈負相關，這直接影響固定化配基數量，繼而影響載量。孔隙與排阻限制相關，即一定尺寸范圍或大小(分子質量)的蛋白質不能進入孔隙。大孔不受排阻限制作用的影響，允許大分子無阻礙地接近固定化配基，但會降低表面積和配基密度，進而降低純化效率。根據Ren-kin方程(Renkin,1954)，孔隙的大小應該至少達到一個生物分子平均大小的5倍以上，才能更容易接近固定化配基。假設蛋白質平均大小為60A,
孔隙的大小應至少為 300人或更高。大多數常用載體都會滿足這一要求(表
26.1)。交聯可以增加一些軟凝膠介質的機械穩定性，但會減少孔隙率(孔體積），進而降低連接配基數量和結合能力。在大多數情況下，應具體問題具體分析，綜合考慮孔隙和表面積，以達到最佳應用效果。
此外，粒子的直徑和粒度分布也是需要重點考慮的因素。理論上，較小顆粒更利于外部流動相和粒子內部間更快的物質轉移, 流速高且保持高效的親和捕獲。但是會導致更高的流動阻力，發生粒子崩裂的概率更高，如對顆粒和樣品中的變性蛋白質等污染物的敏感性增加導致高負壓。很大程度上粒度的選擇取決于分離目的和方法。10顆粒最適合用于 HPLC分離，400顆粒適合于制備樣品。為避免較小顆粒填充空隙體積并限制流速，粒度分布應盡可能均一。
親和介質的一個主要特點是其選擇性。復雜樣品中蛋白質的選擇是特異性的，這是由偶聯在介質上的特異性配基決定的, 其他組分與配基的結合作用是惰性的。由于通常用于離子強度低的溶液，所以支持物應具有親水性并帶有一定電荷, 但這些電荷也會導致負面的相互作用，即離子相互作用。很多商品化固相載體都可滿足這些要求, 有的是其天然結構，有的表面包被合適的材料。常見載體(如球狀瓊脂糖和纖維素)都可以從供應商處購買，如GEHealthcare的瓊脂糖凝膠(S印harose)、Bio-Rad的Affigel(表 26.1)。非特異性選擇由固相載體自身特性決定，如聚苯乙烯珠的疏水性、二氧化硅表面的負電荷。
用于結合特殊配基時，應對介質進行修飾，此時也會導致非特異性吸附。針對這些情況，應根據靶標的特征精心設計、篩選并優化化學吸附作用、配基、配基和介質間隔物的選擇性和效能, 同時降低非特異性結合。
使用過程中，親和介質的理化性質必須穩定，這樣載體材料本身以及吸附的配基才不會與所用溶劑發生反應，樣品中可能存在的酶和微生物也不會使其被降解或破壞。通常制造商會提供商品化親和介質的化學相容性，應將其作為成功制訂純化程序的指導原則。
交聯瓊脂糖通常可以承受寬pH范圍(如pH3~12)、大多數水溶劑 (包括變性劑）、有機溶劑、修飾劑和酶的作用。而如玻璃和二氧化硅等材料在堿性條件下會水解而不穩定，因此, 通常在吸附配基前需要在這些材料表面進行涂層。介質也應該能承受物理作用力 (如壓力, 尤其是裝柱時)并在純化過程中保持不變。高壓能夠壓縮介質, 使其崩裂。與較堅固的載體，如二氧化硅、聚苯乙烯和其他高度交聯材料相比，瓊脂糖珠及其他軟凝膠介質更容易受到壓力影響。
整體柱是孔隙大、非顆粒型的單一介質，可以用許多不同的材料制造，如瓊脂糖凝膠、二氧化硅、GMA/EDMA、晶膠(cryogel)(MallikandHage,2006;Plievaaetal.，2009)。
整體柱除具有親和載體很多必備的特性外，還有以下特點: 流穿孔隙大、沒有無效體積、形成對流而非擴散以及髙流速縮短運行時程，并因此得到廣泛應用。此外，在柱層析過程中，介質不會被壓縮，壓力塌陷較少，可承受較寬的 pH范圍和劇烈的化學作用。但與傳統介質相比，整體柱也具有局限性，如載量低，每種整體柱的親和載體均需要特殊的制備程序，而且目前可用的親和形式有限等(MallikandHage，2006)。
通過在每個步驟中親和珠的迅速再生(如結合、流穿、洗脫），磁性分離可顯著縮短純化過程，而且與傳統的柱洗脫相比可減少樣品的稀釋倍數。黏性材料會堵塞層析柱, 可用該方法。磁性無需樣品預處理(如離心或過濾)除去不溶物和微粒等物質，因此可以簡化純化過程。將磁性分離應用于高通量分析, 可以大大縮短純化過程(Saiyedetal.,2003)。
這需要將其小型化，并且可以進行多條件平行篩選，如篩選適合蛋白質表達的生長條件和純化用緩沖液。
順磁顆粒(paramagneticparticle)存在修飾和不修飾兩種形式。修飾通常采用親和配基 (如鏈霉素、GSH.proteinA等)，或者偶聯特異性識別的聚合物，如單克隆抗體和多克隆抗體(Konerackaetal.，2006)。除用于目標蛋白質純化, 也用于固定，繼而作為誘餌，從一個復雜的生物混合物中提取與其相互作用的分子。詳見第16章。