嗜冷酶對食品產生的危害主要在乳制品方面。
嗜冷菌可以產生脂肪酶、蛋白酶，這些熱穩定性胞外降解性酶類在巴氏消毒過程中基本不受影響，這類脂肪酶和蛋白酶甚至經過UHT處理后仍能保持部分活性，導致脂肪酶分解原料奶中的脂肪球，產生游離的短鏈脂肪酸而使原料奶酸度升高導致腐敗，又由于游離脂肪酸增加，將導致乳產品風味變差，如乳酪味、腐爛味、不潔味或酵母味等。蛋白酶可分解原料奶中的蛋白，導致如產品發苦，在水解過程中釋放的氨基酸會使褐變反應加劇，分解酪蛋白，引起蛋白膠凝化。
UHT滅菌奶的凝結和苦味均與嗜冷菌產生的蛋白分解酶有關。苦味的產生主要是由蛋白酶水解蛋白質形成一定分子量范圍內的肽造成的。此外，脂肪酶分解脂肪形成低分子醛、酮類物質時也有苦味。蛋白質和脂肪水解程度不同，也會使產品產生異味和變粘稠。因此在UHT奶貯存過程中，蛋白酶與脂肪酶對產品的品質影響比較顯著。這些由嗜冷菌產生的脂肪酶、蛋白酶不僅還會導致牛奶的物理品質和感官品質下降、貨架期縮短，還會造成片式熱交換器的淤塞，使清洗困難。
有一些學者認為，在UHT乳貯存期間發生的老化膠凝現象是由乳中殘留的蛋白酶活性造成的，其中起主要作用的酶是天然乳蛋白酶（纖維蛋白酶）和微生物蛋白酶。這些高耐熱性酶，在UHT 乳貯存中繼續發揮水解作用，從而使蛋白質水解。微生物蛋白酶主要水解κ-CN，生成副-κ- CN，從而使κ- CN 失去對蛋白質的穩定作用，使蛋白質聚集，最終由于蛋白質自身的重力作用沉于底部，隨著時間的延長逐漸析出乳清，產生凝膠。另外，UHT 乳貯存期間，蛋白酶水解乳中蛋白，釋放出一些產生苦味的氨基酸和短肽，會對乳的風味造成不良影響。有研究表明，當牛乳中熱穩定性蛋白質量濃度達到1 ng/mL 時，就足以縮短UHT奶的貨架期 。