噬菌體療法首先在人類疾病治療中得到應用。1921年，Bruynoghe和Maisin率先用噬菌體制劑治療葡萄球菌引起的皮膚感染。此后噬菌體廣泛應用于耳喉科、口腔科、眼科、皮膚科、兒科及肺部疾病等的治療。隨著抗生素的出現，噬菌體療法被漸漸忽視。Kutter 等報道噬菌體療法治療或預防人類疾病具有極大的潛力，指出通過實踐和試驗等方法最終使噬菌體療法商業化是避免此療法被忽視的關鍵。
隨著細菌抗生素耐藥性的廣泛存在，在許多領域使用噬菌體控制致病菌的生長和擴增。噬菌體治療能夠避免腸道菌群失衡，保持機體的正常免疫力，被認為是替代抗生素的一種安全、有效和有潛力的微生態制劑忸。
