呼吸系統主要表現為反復支氣管感染和氣道阻塞癥狀。新生兒出生后數日內即可出現癥狀。早期可有輕度咳嗽，伴發肺炎、肺不張后咳嗽加劇，粘痰不易咳出，呼吸急促。患者若咳出大量膿性痰或伴咯血時，提示有支氣管擴張和肺膿腫的可能。體格檢查常見杵狀指（趾）。肺部感染的致病菌大多是金葡菌、綠膿桿菌或其他革蘭陰性桿菌。肺部產生廣泛性纖維化和肺氣腫后，有喘鳴，活動后氣急，常并發自發性氣胸或縱隔氣腫。出現缺氧和二氧化碳潴留癥狀時，氣急加劇，紫紺，最后導致呼吸衰竭和肺源性心臟病。
新生兒由于腸粘液分泌和粘度增加，以及因缺乏胰酶等影響蛋白質消化，故約10％有胎糞阻塞；兒童也可發生腸梗阻和直腸脫垂。胰腺分泌不足則出現腹脹、腹部隆起、排出大量泡沫惡臭糞便等消化不良癥狀，甚至發生脂肪瀉和氮溢（azotorrhea）。維生素缺乏，特別是維生素A缺乏可發生干眼病。病兒雖食欲旺盛，飲食量足夠，但仍有營養不良和生長發育遲緩。膽道阻塞可出現黃疸，并發肝硬化時，可出現門靜脈高壓、脾機能亢進。嬰兒若出汗過多，失去大量電解質和水份，容易引起虛脫。