1.多囊腎的診斷應根據其臨床表現如兩側腎臟明顯增大、尿異常、高血壓等應懷疑有本病的可能，如有家族史則更能提示本病。B型超聲、CT及磁共振成像檢查能發現特征性雙腎囊腫，診斷即可確立。本病早期腎囊腫數目不多，可為單側性，數年內復查如腎囊腫數量增多或出現腎外囊腫，ADPKD的診斷也可肯定。應用3’HVR、PGP及24-1等DNA探針，用基因連鎖分析法診斷囊腫基因極為可靠，可檢出雜合子家屬成員和無癥狀患者。本病癥狀輕的患者，常誤診為單純性腎囊腫、孤立性多房囊腫等多發性單純囊腫，家族史和同時存在的肝囊腫可幫助鑒別診斷。發生血尿者須與新生物、腎結石等引起血尿的其他疾病進行鑒別，注意多囊腎并發結石或囊腫癌變等情況，應行凝血篩查(PT、APTT和血小板)，排除出血性疾病。對于有蛛網膜下腔出血家族史的患者可行腦血管MRI檢查。本病的診斷主要依靠CT掃描排除腎臟腫瘤，MRI檢查可較好地幫助鑒別其他囊性病和有無先天性腎積水，另外，MRI檢查可確定囊腫的部位、分布、數目、大小、是否與腎盂、腎盞相通等。
2.單純性腎囊腫根據臨床表現主要是高血壓、腎盞梗阻引起的繼發性尿路感染。
本病診斷主要依靠B型超聲或CT檢查。尤其是老年人出現單個囊腫，應與惡性腫瘤壞死液化形成的囊腔或囊腫基礎上并發腫瘤相鑒別。因此，對診斷可疑者應細心觀察B型超聲或CT檢查的成像，必要時作囊腫穿刺，囊液呈血色或棕色，乳酸脫氫酶增高，提示惡性腫瘤，如找到瘤細胞則診斷更可靠。抽出囊液后注入等量造影劑造影，鑒別良性或惡性囊腫也很有幫助，單純性囊腫內襯面平滑，偶爾見到不完全的膈，惡性腫瘤壁厚，內襯粗糙不規則，凹凸不平。而老年人一側或兩側腎有數個囊腫并不少見，由于囊腫數目較多，故稱多發性單純性腎囊腫。不少臨床醫師誤診為多囊腎(ADPKD)。Ziegler等早年就提出腎內容易數清囊腫個數的不會是多囊腎。以下幾點有助于鑒別：
(1)單純性腎囊腫腎臟大小形態基本正常，除非有特大囊腫形成。
(2)單純性腎囊腫多為單側性，如為雙側性，囊腫數目不多，易數清個數。
(3)直系親屬中無ADPKD病人。
(4)不發生腎結石，極少有高血壓。
(5)無肝、胰囊腫或顱內動脈瘤等并存。
(6)影像檢查囊腫與囊腫之間有較多的正常腎組織。此外，ADPKD家屬中的兒童，檢查時腎內有1～2個囊腫，強烈提示ADPKD，因為單純性腎囊腫極少見于兒童。2～3年后復查囊腫數量增多則ADPKD診斷可肯定。
3.腎髓質囊性病診斷比較困難，下列幾點可作為診斷線索和依據：
(1)陽性家族史。
(2)小兒和少年不明原因的腎功能不全。
(3)口渴、多飲、多尿及尿鈉增多和腎結石及泌尿系感染。
(4)腎臟體積較小。由于囊腫較少且很小，在影像檢查上易被忽視，應引為警惕。
(5)色素性視網膜炎、白內障、黃斑變性、近視或眼球震顫等。