兩種質譜對真空的不同需求，會帶來使用成本的差異。不同類型的質譜有其不同的適宜工作的真空度，使得使用成本上有近百倍的區別。一般而言，四極桿質譜一般需要10^(-6)的高真空，若真空度沒有達到該值，會使得設備無法做到單位質量分辨。而離子阱質譜僅需要10^(-3)的真空[2]，在該條件下其分辨率就可以超過單位質量分辨的需求。由于對真空度需求存在巨大的差異，不同質譜采用了不同的真空泵系統。目前四極桿質譜采用非蒸發吸氣劑泵（NEG）和小型濺射離子泵，分別對設備內的活性氣體、和非活性氣體進行吸附。由于吸附存在飽和，故吸附泵壽命遠低于機械泵：NEG泵僅有150小時的使用壽命，到達150小時使用時間后需更換，更換成本接近10萬元。與此同時，目前市售的離子阱質譜一般采用渦輪分子泵、隔膜泵的組合。得益于技術的進步，以上兩種真空泵不但使用壽命是NEG泵的100倍以上，也不會因現場的震動、跌落而損壞。如果將更換真空泵的成本均攤至每次檢測中，便攜四極桿質譜的樣品檢測成本，僅在更換新泵方面就需要200元/每個樣品。