1. 培養基單純，例如谷物類、小麥麩、小麥草、大宗谷物或農產品等均可被使用，發酵原料成本較經濟。
2. 基質前處理較液體發酵少，例如簡單加水使基質潮濕，或簡單磨破基質增加接觸面積即可，不需特殊機具，一般家庭即可進行步驟。
3. 因獲得水分可減少雜菌污染，此種低滅菌步驟即可施行的發酵，適合低技術地區使用。
4. 能產生特殊產物，如紅麴產生的紅色色素是液體發酵的十倍，又Aspergillus在固體發酵所產生的glucosidase較液體發酵產生的酵素更具耐熱性。
5. 固體發酵相當于使用相當高的培養基，且能用較小的反應器進行發酵，單位體積的產量較液體為高。
6. 下游的回收純化過程及廢棄物處理通常較簡化或單純，常是整個基質都被使用，如做為飼料添加物則不需要回收及純化，無廢棄物的問題。
7. 固體發酵可食品產生特殊風味，并提高營養價值，如天培可作為肉類的代用品，其胺基酸及脂肪酸易被人體消化吸收。