相同點
固有免疫和適應性免疫是相輔相成的、密不可分的。固有免疫往往是適應性免疫的先決條件，如樹突狀細胞和吞噬細胞吞噬病原生物實際上是一個加工和提呈抗原的過程，為適應性免疫應答的識別準備了條件。適應性免疫應答的效應分子可大大促進固有免疫應答，如抗體可促進吞噬細胞的吞噬能力，稱為調理吞噬，或促進NK細胞的細胞毒作用；又如，許多由T細胞分泌的細胞因子可促進參與固有免疫應答細胞的成熟、遷移和殺傷功能。
不同點
固有免疫與適應性免疫應答二者之間有以下幾點不同。
1在獲得形式上：固有免疫是固有性的或先天性的，無需抗原激發即可獲得。而適應性免疫應答卻是獲得性的，須在接觸抗原后獲得。
2.發揮作用時間：固有免疫在抗原出現的早期即可快速（數分鐘～4天）發揮作用。而適應性免疫應答需在4～5天發揮作用。
3.固有免疫是模式識別受體；適應性免疫應答是特異性識別抗體，由于細胞發育中基因重排產生多樣性。
4.固有免疫無免疫記憶；適應性免疫有免疫記憶性，并產生記憶細胞。
5.固有免疫包括抑菌物質、殺菌物質、補體、炎癥因子、吞噬細胞、NK細胞、NK T細胞。適應性免疫包括T細胞、B細胞。