活化的目的是創造一個與樣品溶劑相容的環境并去除柱內所有雜質。
通常需要兩種溶劑來完成上述任務，個溶劑（初溶劑）用于凈化固定相，另一個溶劑（終溶劑）用于建立一個合適的固定相環境使樣品分析物得到適當的保留。每一活化溶劑用量約為1-2ml/100mg固定相。終溶劑不應強于樣品溶劑，若使用太強的溶劑，將降低回收率。
通常采用一個弱于樣品溶液的溶劑不會有什么問題。值得注意的是，在活化的過程中和結束時，固定相都不能抽干，因為這將導致填料床出現裂縫，從而得到低的回收率和重現
性，樣品也沒得到應有的凈化。如果在活化步驟中出現干裂，所有活化步驟都得重復。