萃取時間主要是指達到或接近平衡所需要的操作時間。影響萃取時間的主要因素有萃取頭的選擇、分配系數、樣品的擴散系數、頂空體積、樣品萃取的溫度等。萃取開始時萃取頭固定相中物質濃度增加得很快，接近平衡時速度極其緩慢，因此一般的萃取過程不必達到完全平衡，因為平衡之前萃取頭涂層中吸附的物質量與其最終濃度就已存在一個比例關系，所以在接近平衡時即可完成萃取操作。視樣品的情況不同，萃取時間一般為2～60min。延長萃取時間也無壞處，但要保證樣品的穩定性。
