中國機構編制網16日公布《國家疾病預防控制局職能配置、內設機構和人員編制規定》和《中共中央辦公廳 國務院辦公廳關于調整國家衛生健康委員會職能配置、內設機構和人員編制的通知》，明確國家疾病預防控制局是國家衛生健康委員會管理的國家局，為副部級單位。同時，對國家疾病預防控制局的職能配置、內設機構和人員編制等作出規定，對國家衛生健康委員會內設機構進行調整。
規定指出，國家疾病預防控制局主要職責包括：組織擬訂傳染病預防控制及公共衛生監督的法律法規草案、政策、規劃、標準，負責疾病預防控制網絡和工作體系建設；領導地方各級疾病預防控制機構業務工作；制定并組織落實國家免疫規劃以及嚴重危害人民健康公共衛生問題的干預措施等。
根據規定，國家疾病預防控制局內設機構（副司局級）包括：綜合司、規劃財務與法規司、監測預警司、應急處置司、傳染病防控司、衛生與免疫規劃司、綜合監督一司、綜合監督二司、科技教育與國際合作司（港澳臺辦公室）和機關黨委（人事司）。
規定強調，國家疾病預防控制局應當強化對各級疾病預防控制機構的業務領導和工作協同，建立健全疾病預防控制工作體系和網絡，為維護人民健康提供有力保障。
根據通知，國家衛生健康委員會負責管理國家疾病預防控制局，將制定并組織落實傳染病預防控制規劃、國家免疫規劃以及嚴重危害人民健康公共衛生問題的干預措施等職責劃入國家疾病預防控制局。
同時，國家衛生健康委員會內設機構迎來調整。通知明確，國家衛生健康委員會醫政醫管局更名為醫政司；國家衛生健康委員會衛生應急辦公室（突發公共衛生事件應急指揮中心）更名為醫療應急司；國家衛生健康委員會機關黨委（黨組巡視工作領導小組辦公室）負責機關和在京直屬單位黨的建設和紀檢等工作；撤銷國家衛生健康委員會疾病預防控制局、綜合監督局。