土壤監測項目主要為pH、鎘、鉛、汞、砷和六六六、滴滴涕等有機氯農藥。重污染和特殊區域依據污染源特征加測銅、鋅、鉻、鈷、鎳、鋁、釩、揮發性有機物（VOCs）、多環芳烴（PAHs）、多氯聯苯（PCBs）及其它特征污染物。重點調查區域內代表性農作物監測項目為鎘、鉛、汞、砷和六六六、滴滴涕等有機氯農藥和有機磷農藥，重污染區監測項目依據污染源特征加測銅、鋅、鉻、鈷、鎳、鋁、釩、PCBs及其它特征污染物。監測分析方法根據國家調查方案采用國家標準或國家環保總局認可的行業技術規范，部分項目分析方法參照美國EPA標準。