凡能影響微生物生命活動的環境條件，都會影響有機質的轉化。這些因素主要有以下幾方面。
1、土壤濕度和通氣狀況
微生物活動需要一定的濕度和通氣條件。在適度濕潤而又有通氣良好條件的土壤中，好氧微生物活動十分活躍。這時有機質進行好氧分解，其特點為速度快，分解較完全，礦化率高，中間產物很少累積，所釋放的礦質養料多，并以氧化物狀態存在，有利于植物吸收利用，無毒害作用。但該條件不利于土壤有機質累積。反之，如果土壤的濕度過大，水分充塞了絕大部分土壤孔隙使通氣受阻，這時有機質的分解只能在嫌氣條件下進行。其特點是分解速度慢，分解不完全，礦化率低，容易積累中間產物。如在高度嫌氣條件下往往會產生一系列的有機酸，其中最常見的有乙酸、丙酸和丁酸等，同時還會產生某些還原性氣體如H2、H2S、CH4等，對作物有害。在嫌氣條件下，礦化率低，有利于土壤有機質的積累和保存，但有機質質量較差。一般土壤含水量為土壤田間持水量的60%～80%時有利于有機質的轉化。
2、溫度
在0～35℃的溫度范圍內，增高溫度能促進有機質的分解，一般土壤微生物最適宜的土壤溫度為25～35℃。當溫度高于45℃時，一般的微生物活動受到明顯的抑制，有些有機物質可能發生純化學氧化分解作用或導致揮發。
3、土壤的酸堿反應
不同的微生物都有適宜活動的pH范圍。如大多數細菌最適pH一般在中性附近(pH 6.5～7.5)；而放線菌活動的最適宜pH比細菌略偏堿性；真菌最適于酸性(pH 3～6)條件。因此，土壤的酸堿反應不同，土壤中各類微生物總量、相對比例及活動性等都不一樣，而有機質轉化的速度、產物也不相同。在農業生產中，中和過酸或過堿的土壤，對促進有機質轉化有顯著作用。