【1】傳染病的快速診斷及監測：未來的傳染病爆發后的檢測主要依靠基因芯片的快速初篩及診斷，做到24 h內明確病因，為防疫工作者提供可靠的數據，是指導控制疫情的必要手段。
【2】分子流行病學資料分析：對于一些病因機制不清、病原體相關資料缺乏的傳染病可以用基因芯片進行研究，為歷史上爆發的傳染病之間的聯系提供新的線索。
【3】適用于常見疾病的篩查：基因芯片還可用于一些性傳播疾病（尖銳濕疣、生殖器皰疹）、慢病（如腫瘤、慢性傳染病、原發性高血壓等） 的早期篩查及普查。這比用傳統的方法將更加準確、便宜、方便。
【4】病因及流行規律的探究：隨著人類基因組計劃的完成，使一些遺傳性疾病病因的分子機制得到了明確。基因芯片的使用將對這些遺傳性疾病的流行機制的探討會有很大幫助。