利用基因打靶技術產生轉基因動物的程序一般為：
獲得干細胞
基因敲除一般應用于鼠，而最常用的鼠的種系是129及其雜合體，因為這類小鼠具有自發突變形成畸胎瘤和畸胎肉瘤的傾向，是基因敲除的理想實驗動物。而其他遺傳背景的胚胎干細胞系逐漸被發展應用，來自于C57BL/6×CBN/JNCrjF1小鼠的胚胎干細胞系成功地用于基因敲除。由于這些遠交系遺傳背景復雜，所得到的模式小鼠往往不能得到重復性好的實驗結果，所以也需要在C57BL/6等近交系小鼠上做回交。 另一方面，因為回交次數不一樣，也會造成實驗結果重復性差。這對生物科研，尤其是醫藥企業，安評中心，藥檢部門等，是一個很大的缺點。這對開發制作標準模式動物也是一個很大的缺陷。所以，如果能夠直接用C57BL/6 ES細胞進行基因打靶，就將直接獲得C57BL/6品系的模式小鼠。c57BL/6小鼠種系等已經廣泛的應用于免疫學，神經學，癌癥，等幾乎所有研究領域。已經有一些公司或科研機構已經開始用C57BL/6遺傳背景的胚胎干細胞進行基因打靶。
載體構建
把目的基因和與細胞內靶基因特異片段同源的DNA分子都重組到帶有標記基因（如neo基因，TK基因等）的載體上，此重組載體即為打靶載體。因基因打靶的目的不同，此載體有不同的設計方法，可分為替換性載體和插入型載體。如為了把某一外源基因引入染色體DNA的某一位點上，這種情況下應設計的插入型載體要包括外源基因（即目的基因）、同源基因片段及標記基因等部分。如為了使某一基因失去其生理功能，這時所要設計的替換型打靶載體，應包括含有此靶基因的啟動子及第一外顯子的DNA片段及標記基因等諸成分。根據實驗目的不同，打靶載體分為全基因敲除，條件性基因敲除，基因敲進，誘導性基因敲除等打靶載體。
導入基因
將基因打靶載體通過一定的方式（常用電穿孔法）導入同源的胚胎干細胞（EScell）中，使外源DNA與胚胎干細胞基因組中相應部分發生同源重組，將打靶載體中的DNA序列整合到內源基因組中從而得以表達。一般地，顯微注射命中率較高，但技術難度較大，電穿孔命中率比顯微注射低，但便于使用。
用選擇性培養基篩選已擊中的細胞
一般地，篩選使用正、負選擇法，比如用G418篩選所有能表達neo基因的細胞，然后用Ganciclovir淘汰所有HSV-TK正常表達的細胞，剩下的細胞為命中的細胞。由于用于TK篩選的Gancyclovir對小鼠的種系傳遞有影響，一般采用DTA（白喉毒素A亞基）進行陰性篩選。將篩選出來的靶細胞導入鼠的囊胚中，再將此囊胚植入假孕母鼠體內，使其發育成嵌合體小鼠。
性狀改變
通過觀察嵌和體小鼠的生物學形狀的變化進而了解目的基因變化前后對小鼠的生物學性狀的改變，達到研究目的基因的目的。