基因檢測，腫瘤治療重中之重

　　根據臨床可實施性，或者基于腫瘤基因組分析產生的異構信息，決定是不是該采取臨床行動，仍然是科學家和臨床醫生的主要挑戰。

　　醫學博士Rodrigo Dienstmann等人，2014年在Molecular Oncology（“Standardized decision support in next generation sequencing reports of somatic cancer variants”）中寫到，成千上萬個體細胞突變存在于每一個腫瘤基因組中。這些變種有良好的生物學和臨床意義，是公認的分子治療的目標。但作者說大部分變種沒有已知的意義，使得臨床決策極大地復雜化。

　　調查人員說，雖然這些變體如何以及在多大程度上可能影響臨床決策仍不清楚，但多個實驗室正在不斷發展平臺，以識別腫瘤樣本中潛在的可操作的基因突變。這些實驗室，大部分為臨床腫瘤中心，已投入大量資源優化復雜的深度測序平臺和生物信息學資源，使基因突變和潛在的可操作性可以連接起來。

　　Andrea Desmond和馬薩諸塞州總醫院、哈佛、斯坦福以及Beth Israel Deaconess醫院的同事研究了在多基因批量檢測中鑒定到的，但在BRCA1和BRCA2檢測中卻未檢測到的臨床可操作性突變的頻率。

　　根據參與者是否在麻省總醫院和斯坦福大學就讀，調查人員與公司進行學術合作，用他們的腫瘤樣本做了25基因的批量Myriad Genetics’ MyRisk測試或Invitae’s 29基因的遺傳性癌癥綜合征測試（Invitae’s 29-gene Hereditary Cancer Syndromes）。

　　2015年10月發表在臨床腫瘤學報告（Clinical Oncology ）上（“Clinical Actionability of Multigene Panel Testing for Hereditary Breast and Ovarian Cancer Risk Assessment”），研究人員說他們的研究結果表明，使用多基因批量測序發現的突變可以改進癌癥預防和管理策略，對有罹患遺傳性乳腺癌或卵巢癌（HBOC）風險但缺乏BRCA1或BRCA2突變基因的人群來說具有重大意義。

　　在1046個研究參與者中，40個BRCA1 / 2陰性的患者攜帶有害突變，這些突變大部分存在于具有中等風險的乳腺癌和卵巢癌的基因CHEK2、ATM、PALB2和ynch綜合征的基因中。再加上從診所收集的23個陽性突變個體，大部分的突變（92％）反映了病人或其家庭的癌癥譜，這表明這些結果是有重大臨床意義的。

　　在臨床上具有代表性的群體中，HBOC的風險評估發現，與單獨做BRCA1和 BRCA 2基因檢測相比，多基因批量檢測能夠大大改變更多病人的臨床管理。多基因檢測將可能為攜帶廣譜癌癥易感基因的患者改進近期癌癥風險評估與管理建議，陽性批量檢測結果與僅僅做BRCA1/2 檢測相比，為患者保證了更為頻繁的臨床管理變化方面的關懷。

　　得克薩斯大學MD Anderson癌癥中心的科學家報告說，他們已經建立了極有針對性的測序平臺T200，包括由938,607個堿基組成的4,874個外顯子去識別腫瘤樣本中潛在的DNA變化。他們指出，目前在大多數實驗室進行的全基因組測序和全外顯子組測序具有相對較低的平均覆蓋率，使得在低成本檢測腫瘤細胞亞群的畸變上能力有限。

　　2015年3月發表在“Clinical Chemistry” (“Clinical Actionability Enhanced through Deep Targeted Sequencing of Solid Tumors“)上，Ken Chen博士等人描述了他們從515個福爾馬林固定、石蠟包埋的腫瘤樣本和來自11個疾病部位的匹配種系DNA（475名患者）中發現的結果。這些結果是通過捕獲和測序201個癌癥相關的基因上所有的外顯子獲得的。

　　調查人員說，他們已經獲得了千倍級的平均測序深度并在分析的樣本中鑒定出4,794個非同義突變。其中15.2％的非同義突變以<10％的等位基因頻率出現。大多數這些低水平突變發生在已知的致癌熱點區，并很可能是有功能的。在118（24.84%）個患者中，低水平突變的鑒定提高了可操作基因上突變的識別。

　　研究人員說他們的研究結果的準確性和商業化的化學發光免疫分析法（CLIA）一樣，但允許可操作基因上更多的突變的檢測。這揭示了在臨床腫瘤樣本中獲取和利用高深度測序的重要性，并為在癌癥護理機構中執行常規測序提供了一個非常有用的平臺。

　　Kenna Mills Shaw博士，Sheikh Khalifa Bin Zayed Al Nahyan Institute for Personalized Cancer Therapy (IPCT) 的執行理事說，她的團隊與并沒有要求“護理標準”化驗的基因突變患者合作。“如果你不用至少500的深度測序，你會錯過腫瘤中的罕見基因突變，包括新出現的可能抵抗疾病的突變，” Shaw博士解釋道， “最終，這些結果會在CLIA試驗進行驗證之后才能采取行動。對于可能受益的患者，例如，進行臨床試驗登記的患者，我們也證實了CLIA實驗室的研究成果。”

　　調查人員說，他們的研究結果表明高測序深度的重要性是臨床腫瘤樣本分析。雖然結果是從IRB批準協議的臨床前研究環境中獲得，他們可以用于主治醫生訂購額外的CLIA-compliant 試驗，以確認為臨床決策的更改。

　　與MD Anderson相同，紐約的Memorial Sloan Kettering Cancer Center (MSKCC) 用一個一致同意方法評估基因組檢測結果的潛在可操作性。

　　醫學博士Mark E. Robson，癌癥醫療中心（MSKCC）的臨床遺傳學服務（Clinical Genetics Service）診所主任在2014年Institute of Medicine召開的一次圓桌討論上說，“為醫療保健將基因組為基礎的研究進行轉化，”他解釋說，在MSKCC，一個有關各種學問的個人小組做了一個跡象的個案評估，這個小組在基礎科學、藥物研發、臨床試驗設計、試驗發展和解釋、計算生物學和生物統計學具有專業知識。他說，對于腫瘤特異性驅動突變，可操作性與靶向治療是否可指示和可用有關，而對于有害胚系突變,可操作性與突變的外顯率和可獲得的預防醫學干預措施的療效有關。

　　來自腫瘤分析的種系偶然發現僅僅在發現與研究中被報道，并且需要機構審查委員會批準。可操作性的標準任然有些不確定因素，Robson博士說，并且現在的討論都是集中在什么級別的風險證明接觸合理。

　　“Multigene Panel Testing: Planning the Next Generation of Research Studies in Clinical Cancer Genetics”， 發表在2014年的臨床腫瘤學雜志中，Robson博士在這篇文章中說，快速技術創新已經“使多基因批量檢測應用到臨床當中，也許之前我們已經建立了一個可靠的的框架來適應它。”

　　現在二代基因測序正在進行大量的實驗，在了解基因組異常模式是否允許更有效的靶向治療方面。“盡管現在每人都對這個很有熱情，” Robson博士說，“我們在全球范圍內癌癥人口方面是否能得到更好的結果任有待觀察。”

　　據Robson博士的論文介紹，大部分科學家同意經過精心設計的隨機臨床試驗是必須的，用來評價批量檢測是否能達到比定向表型檢測更快的速度，批量檢測與定向表型檢測是否能夠提高總體健康狀況，前期批量檢測作為整體戰略與定向表型檢測相比是不是劃算的。