動植物的采樣需采具有細胞核的體細胞，盡量以方便且不造成大傷害的方式為主，如植物通常采取葉片、魚類采魚鰭組織、哺乳動物采血液；而人類通常采口腔黏膜細胞，可用棉球刮棒或試紙刮取口腔兩側，或透過收集唾液取得，當然采血也可；由于動植物體內所有細胞的基因都是一樣的（除非發生突變，或特定免疫細胞部分基因有V(D)J重組），故不同采集方法所取得的樣本不會影響最終結果的準確性。 采集樣本時需注意其他非檢體的污染，如沾染到其他人的唾液、貓狗的糞便、或是被強酸強堿滲入等，都會影響到最后檢測結果。
