基因組學推進腫瘤研究未來發展

　　——訪億明達腫瘤業務營銷副總裁約翰·萊特

　　基因組學正在改變腫瘤研究，其最終目標是推進癌癥的診斷、治療、監控及最終的篩查方式。

　　癌癥通常按照形態進行分類，這指的是病理學家在顯微鏡下看到的內容。“如今，癌癥分類依據已經開始從形態特征轉變為更有效的治療方式，其中的主要轉變在很大程度上歸功于基因組研究。”美國生物技術公司億明達（Illumina）腫瘤業務營銷副總裁約翰·萊特（John Leite）近日在接受《中國科學報》記者采訪時說。

　　他表示，基因組學正在改變腫瘤研究，其最終目標是推進癌癥的診斷、治療、監控及最終的篩查方式。

　　影響腫瘤學未來發展

　　在腫瘤診斷方面，億明達的目標是提供體細胞變異的評估。與形態學相比，基因組學可以對疾病進行分類，并告知醫生一名特定患者的疾病驅動因素是什么，從而實現更好的診斷。

　　以骨髓增生異常綜合征（MDS，白血病的一種）為例。萊特表示，該病可根據奧氏小體或環形鐵粒細胞等分為很多亞類。這些子分類對病理學家有用，因為他們在顯微鏡下能看到小的亞結構，但其對主治醫生的價值卻有限。

　　“與之相對的是根據5號染色體部分缺失進行分類，這種分類對醫生如何治療患者很有意義。”萊特說。因為根據遺傳組分，患者通常對藥物來那度胺反應良好。“隨著可以對更多癌癥進行遺傳分類，人們可以看到這一趨勢，即基因組學正幫助我們根據遺傳標志物來定義疾病，這些標志物可能激發腫瘤惡變，可作為治療靶點。”

　　目前，億明達正在力爭成為這一領域的領導者。“我們開發從試劑盒到儀器和軟件的研究方案，以改善未來的腫瘤診斷、預后、治療和監控。”萊特說。該公司目前還在參與一些臨床試驗，并與制藥公司合作，以開發與其療法相匹配的診斷方式。

　　據介紹，該公司目前將總體目標放在轉化研究市場，鼓勵研究人員建立新一代的癌癥干預、診斷工具和療法。“我們的目標是為研究人員提供解決方案，盡管研究人員今天仍在使用僅供科研用的解決方案，但在不久的將來有望看到臨床體外診斷檢測方案。”萊特表示，該公司目前正在研究的TruSight Tumor 15試劑盒就旨在利用新一代測序技術對15個實體瘤中常常突變的基因進行全面評估，以期未來將其推向臨床。

　　聚焦免疫腫瘤學

　　體細胞變異是億明達腫瘤業務的基礎。同時，該公司對免疫腫瘤學存在很大興趣，正迅速地在這一新興應用領域加強核心能力。

　　“最近一些側重于不同免疫療法的臨床試驗發現，一些原本預后較差的患者獲得了有希望的治療結果。”萊特表示，“在免疫腫瘤學方面，人們必須評估許多不同的參數，才能從整體上了解患者的免疫系統如何與癌癥相互作用，確定他們是否適合免疫治療。”

　　他舉例說，新抗原檢測或能表明一些患者是否適合接種疫苗或T細胞療法，并可利用全外顯子組測序（WES）確定。腫瘤浸潤淋巴細胞則是另一個參數，可協助預測患者對治療如何應答。“包含這些淋巴細胞（即滲透到腫瘤的免疫細胞）的腫瘤，通常意味著更積極的結果，因為它們的存在意味著患者的免疫系統在參與對抗癌癥。而這個參數可通過基因表達評估。”

　　據介紹，億明達的轉錄組或RNA-Seq方案可幫助研究人員開發診斷工具，用于上述分析過程。同時，腫瘤整體問題還包括哪些炎癥過程參與了個別病例，這也是基因表達的問題。該公司產品線中的RNA-Seq或RNA Access可開展相關研究，而且這兩種方法同樣適用于一些免疫調控基因被癌癥所利用、以“規避”個體免疫系統檢測的病例。

　　為患者帶來全方位福音

　　基因組學不僅能夠更好地實現對腫瘤的分類和診斷，而且對于接下來的一個問題，即患者的整體風險狀況怎樣如何，是低風險、中等風險還是高風險的癌癥也具有預后意義。

　　醫生可利用臨床因素組合以及檢測到的突變，了解患者的整體風險狀況。萊特表示，這些知識最終將帶來更多個性化的治療選擇，從而快速準確地分配療法與靶向藥物。例如，在診斷出5號染色體部分缺失的情況下，MDS患者可根據遺傳圖譜選擇使用藥物Revlimid。再比如肺癌中多個基因（如EGFR、ALK）的突變可能需要選擇特定的抑制劑。

　　同時，一旦患者接受治療，醫生還需要知道，這是否是依據患者的所有信息做出的適當療法。據介紹，目前億明達正在評估ctDNA，以監控治療后或手術后的干預。其目的是確定患者癌癥的單個突變克隆，以及監控血液中的相同變異。“在連續治療或干預后，我們期望變異被清除，不會再次出現，因為這可能與復發相關。如果再次看到變異，這也許是一個早期警告信號，提示人們改變療法或以不同的方式干預。”萊特說。

　　此外，還有其他的問題，如能否實現癌癥較早期階段篩查？病情可能如何發展？是否會復發？整體的生存概率如何？除了患者，其家人是否有風險？萊特表示，這些類型的問題目前只是基因組學潛在的研究方向，仍處于理論階段，但有著巨大的社會意義。