任何體內的生物反應都必須在調控的作用下，才有意義。翻譯的調控是十分精密復雜的。在原核生物里翻譯調控的基本單位不是單個的mRNA而是mRNA中的單個閱讀框。以ATP合成酶為例，在原核生物里，該酶包含A、B、C、D、E、F、G、H等多個亞基，其基因拷貝均為一份，在轉錄時轉錄到同一個mRNA上。而實際每個酶中各個亞基的比例并非均等，如E亞基的需求量是C亞基的10倍。這就必須要求在翻譯層面進行調控。
相比于轉錄調控，翻譯調控更迅速、更高效，且可以通過對翻譯的調控進一步控制不同蛋白的空間特異性。同時翻譯調控也可以回復錯誤轉錄造成的危害。
無論針對翻譯、轉錄還是復制，研究調控首先要研究一個生理過程的限速步驟。限速步驟的調控才具有重要的生物學意義。在這里要引入一個新的單位：核糖體密度（RD）。其計算公式如下 ：
其中
表示核糖體數量，
表示ORF的單位長度。單位是
。一般情況下，RD的最大值在1/35左右，而平均RD值在1/154。特別注意的是，只有72個基因表達的轉錄本的RD大于1/50。由于RD本質上反映的是轉錄延伸的速率，其數值之間相差不大表明轉錄延伸并非主要的限速（調控）步驟。由此，翻譯的限速步驟應當是翻譯的起始，而調控也都集中在起始步驟。
（一）原核細胞
在整體上，原核細胞可通過改變核糖體結合位點（RBS）序列或者在RBS鄰域制造二級結構來阻止小亞基和mRNA的結合進而阻止翻譯的起始。一方面由于RBS序列固定，改變其序列將會造成所有mRNA停止翻譯。另一方面由于改變序列并非快速準確的調控方法，針對單個轉錄本，原核細胞傾向于采取以下幾種方式進行調控：
（1）蛋白依賴的——通過蛋白質特異性結合到RBS和起始密碼子AUG之間的序列以通過物理方式阻止小亞基和mRNA結合，但該特異性序列不能包括RBS（否則將可能會導致所有轉錄本停止翻譯）。
（2）mRNA依賴的——通過ORF和下游序列的雜交來阻止該ORF的起始。但如果該ORF上游有其他開放起始位點，則該ORF可以被上游翻譯啟動（核糖體翻譯到下游時，將其解旋），這樣的好處是當且僅當第一個ORF翻譯時，第二個ORF才可以翻譯。
（3）其他——在特殊情況下，原核細胞也可以通過特殊的負反饋途徑和一些特殊的小RNA（sRNA）進行調控。
以核糖體蛋白的翻譯調控為例，我們來討論一個典型的mRNA、蛋白依賴混合的負反饋調控模式。當周圍存在自由rRNA時，新生核糖體蛋白結合rRNA的相應位點來促使其折疊形成適當結構，此時核糖體蛋白正常翻譯。而當周圍存在多余的核糖體蛋白時，該蛋白會結合到核糖體蛋白轉錄本的ORF和RBS之間，以促進鈣ORF和下游序列的雜交，抑制翻譯起始。
而其他的調控方法內，最為典型的是核糖開關。核糖開關是一類小mRNA，其能翻譯出一些蛋白質，后者催化產生一些類別的SAM（小活性分子）。當SAM存在時，可促使mRNA發生構象變化，在ORF和RBS等關鍵位點處形成二級結構，阻遏翻譯起始。當SAM不存在時，阻遏不能形成，翻譯得以繼續。
一些小RNA（sRNA）也可以起到翻譯調控的作用。原核生物的小RNA大小基本在80-110核苷酸。它可以通過自身和RBS互補的序列來解除RBS參與的自體雜交，進而回復翻譯。它也可以直接和開放的RBS雜交阻遏翻譯，具有典型的兩重性。
（二）真核細胞
值得注意的是，雖然在原核生物細胞內，翻譯的起始過程依然有IF1、IF2、IF3三類因子的參與（真正耗能的步驟是IF2介導的起始tRNA入位和大亞基招募），但原核細胞幾乎沒有以這些蛋白因子為靶點進行的調控模式。在真核細胞內，由于大量翻譯起始因子的參與，大量對于翻譯的調控也是以這些蛋白因子為靶點進行的。
和原核細胞類似，真核細胞的翻譯調控也可分為基因特異性調控和全局調控。其靶點主要有三個：起始tRNA的入位、mRNA-eIF4復合物的形成、mRNA的掃描。
最常見的全局調控之一是激酶（如GCN2）磷酸化eIF2，使原本使eIF2·GDP轉為eIF2·GTP的eIF2B失去鳥苷酸交換因子活性，反應不能發生，eIF2·GTP減少，tRNA入位減少，細胞內全局翻譯速率降低。
另一種常見的全局調控是利用4EBP（eIF4E結合蛋白）與eIF4G競爭，識別并結合eIF4E。而激酶可以磷酸化4EBP以使其不具有結合4E的活性。這一通路常被視作一些營養通路（如mTOR）的效應下游。
基因特異性調控主要依賴于mRNA的特有序列。常見的例子是Bruno蛋白可以特異性結合一些mRNA下游元件，而與此同時Cup蛋白與eIF4E結合。由于Bruno可以和Cup互作，進而形成mRNA閉合環路，阻止翻譯的進一步發生。
另一個特異性調控的例子是鐵蛋白的翻譯調控。由于鐵蛋白主要參與二價鐵離子的代謝，在二價鐵離子存在時需要被高度表達以應激，防止其進一步破壞細胞。鐵蛋白mRNA是一類帶有IRE序列的mRNA。當鐵離子不存在時，IRP（IRE結合蛋白）可結合IRE序列，阻礙4A因子對mRNA的AUG的掃描。而當鐵離子存在時，IRP被釋放，掃描得以回復。