是從核酸分子混合液中檢測特定大小的核酸分子的傳統方法。核酸雜交反應是一對一的反應，即膜上有一個被檢測分子時，相應就有一個標記的探針分子與它雜交。其原理是核酸變性和復性理論。即雙鏈的核酸分子在某些理化因素作用下雙鏈解開，而在條件恢復后又可依堿基配對規律形成雙鏈結構。雜交通常在一支持膜上進行，因此又稱為核酸印跡雜交。根據檢測樣品的不同又被分為DNA印跡雜交（Southern blot）、RNA印跡雜交（Northern blot）、點雜交和原位雜交。
