本病須注意與各種原因引起的Fahr綜合征鑒別
1.甲狀旁腺功能減退及假性甲狀旁腺功能減退是Fahr綜合征最常見原因，患者血清鈣含量減少，有手足搐搦、驚厥表現。假性甲狀旁腺功能減退Ⅱ型是少見的家族性遺傳病，除甲狀旁腺功能減退癥狀體征，尚有明顯骨骼及身體發育障礙。
2.兒童期顱內感染可引起基底核鈣化等。
3.新生兒Fahr綜合征主要原因是產傷嚴重缺血缺氧性腦病、宮內窒息等，可在數月內引起Fahr綜合征一系列表現，病史可以鑒別。
