(1)選擇優良的種質
無論是離體培養繁殖種苗，還是進行生物技術研究，培養材料的選擇都要從主要的植物入手，選取性狀優良的種質或特殊的基因型。對材料的選擇要有明確的目的，具有一定的代表性，以提高成功的幾率，增加其實用價值。
(2)選擇健壯的植株
選取發育正常的器官或組織，再生能力強，組培易成功。組織培養用的材料，最好是從生長健壯的無病蟲的植株上選取發育正常的器官或組織。因為這些器官或組織代謝旺盛，再生能力強，培養后比較容易成功。此現象可能是由于外植體內部的植物激素水平能夠在接種后得以維持所致。
(3)選擇適宜的部位
植物組織培養幾乎在植物體的各個部位都獲得了成功，這些部位包括莖尖、莖段、皮層及維管組織、髓細胞、表皮、塊莖的儲藏薄壁細胞、花瓣、根、莖、子葉、鱗莖、胚珠和花藥等。但是不同種類的植物以及同一植物的不同器官對誘導條件反應是不一致的，有的部位誘導分化率高，有的部位很難脫分化，或者再分化頻率很低。
(4)選擇適當的時期
組織培養選擇材料時，要注意植物的生長季節和生長發育階段，對大多數植物而言，應在其開始生長或生長旺季采樣，此時材料內源激素含量高，容易分化，不僅成活率高，而且生長速度快，增殖率高。若在生長末期或已進入休眠期時采樣，則外植體可能對誘導反應遲鈍或無反應。花藥培養應在花粉發育到單核靠邊期取材，這時比較容易形成愈傷組織。百合在春夏季采集的鱗莖、片，在不加生長素的培養基中，可自由地生長、分化；而其他季節則不能。葉子花的腋芽培養，如果在1～2月采集，則腋芽萌發非常遲緩；而在3～8月采集，萌發的數目多，萌發速度快。對于大多數植物而言，應在其生長季節開始時采樣。在生長末期或已進入休眠期時取樣，外植體可能對誘導反應遲鈍或無反應，較難成活。
(5)考慮器官的生理狀態和發育年齡
一般認為，生理年齡小的幼嫩組織較生理年齡大的成熟衰老組織具有較高的形態發生能力。隨著組織年齡的增加，器官的再生能力逐漸減弱甚至完全失去再生能力。
(6)材料大小的選擇要適宜
建立無菌材料時，取材的大小根據不同植物材料而異。材料太大易污染，材料太小，多形成愈傷組織，甚至難于成活。一般選取培養材料的大小為0.5～1.0 cm。如果是胚胎培養或脫毒培養的材料，則應更小。