總大腸菌群的常用測定方法有多管發酵法和濾膜法兩種。
多管發酵法是根據大腸菌群細菌能發酵乳糖、革蘭氏染色陰性、無芽孢、呈桿狀等有關特性，通過三個步驟進行檢驗，來確定水樣中的總大腸菌群數。多管發酵法以最可能數Most Probable Number來表示實驗結果，又簡稱MPN，實際上是根據統計學理論估計水體中大腸桿菌密度和衛生質量的一種方法，這種估計有大于實際數字的傾向。對于大腸菌群數含量的估計值，決定于那些既顯示陽性又顯示陰性的稀釋度，在實際設計水樣檢驗所要求重復的數目時，要根據所要求數據的準確度而定。
濾膜法是用特制的滅菌微孔薄膜過濾水樣，細菌被截留在膜上后，將薄膜貼在品紅亞硫酸鈉培養基上進行培養。因為大腸菌群細菌可發酵乳糖，在濾膜上培養培養后會出現紫紅色具有金屬光澤的菌落，計數濾膜上出現的具有此特征的菌落數，即可計算出每L水樣中含有的大腸菌群數。濾膜法可測定的水樣體積較大，能比多管發酵法更快地獲得結果，但測定濁度高、非大腸桿菌類細菌密度大時，效果較差。